Організаційна (або структурна) трансформація є головною складовою «Празької програми трансформації». Нова структура командування базується на функціональному перерозподілі. На стратегічному рівні знаходяться два командування. Командування ОЗС НАТО з питань операцій очолює Верховний головнокомандувач ОЗС НАТО в Європі та відповідає за проведення усіх можливих операцій Альянсу. Командування ОЗС НАТО з питань трансформації очолює Верховний головнокомандувач ОЗС НАТО з питань трансформації та несе відповідальність за питання, що пов'язані з поточним процесом трансформації Альянсу, а також над спроможностями Альянсу, зокрема у питаннях підготовки та розробки концепцій і доктрин.

Обидва командування очолюються Верховними головнокомандувачами, які виконують подвійні функції. Так, наприклад, Верховний головнокомандувач ОЗС НАТО в Європі водночас очолює Командування збройних сил США в Європі.

Командування ОЗС НАТО з питань операцій розташовано у штабі Верховного головнокомандувача ОЗС НАТО в Європі. Оперативний рівень командування включає постійні командування ОЗС НАТО, що розташовані у Брюнсумі (Нідерланди), Неаполі (Італія), а також менш функціонального постійного штабу, розташованого у Лісабоні (Португалія). Перші два командування здатні проводити операції з місць їх постійного розташування або забезпечувати розгортання штабу багатонаціональних оперативно-тактичних сил (БООТС). Об'єднаний штаб НАТО у Лісабоні може використовувати можливості штабу БООТС морського базування. Командування ОЗС НАТО у Брунссумі забезпечує штабними елементами (за винятком морського компоненту) МССБ в Афганістані , а Командування ОЗС НАТО у Неаполі — штабними елементами для проведення операції НАТО на Балканах.

Тактичний рівень складається з шести видових командувань ОЗС НАТО, які забезпечують відповідну підтримку операцій штабними елементами на суші , морі та у повітрі . До складу Командування ОЗС НАТО у Брюнсумі входить командування повітряним компонентом (Рамштайн, Німеччина), морським компонентом (Нортвуд, Велика Британія) та сухопутним компонентом (Гейдельберг, Німеччина). Командуванню ОЗС НАТО у Неаполі відповідно підпорядковані повітряний компонент (Ізмір, Туреччина), морський компонент (Неаполь, Італія) та сухопутний компонент (Мадрид, Іспанія).