Командування здійснює начальник МВШ, в званні генерала або адмірала, йому підпорядковуються 12 вищих офіцерів, які керують управліннями та службами адміністративної підтримки МВШ. В Апараті начальника МВШ штатом передбачено ряд ключових посад:
- координатор-розпорядник: керує роботою штабу і контролює потік інформації і повідомлень, як всередині МВШ, так і між МВШ та іншими органами штаб-квартири НАТО;
- радник по зв'язках з громадськістю і стратегії інформування: консультує голови та заступника голови Військового комітету , а також начальника МВШ з питань стратегії інформування та зв'язків з громадськістю, виступає як прес-секретар голови Військового комітету НАТО і є основним джерелом інформації з усіх питань та діяльності військового комітету;
- фінансовий контролер: консультує ключових посадових осіб з усіх фінансових і бюджетних питань МВШ;
- військовий юрист: дає рекомендації з усіх правових питань голові та заступнику голови Військового комітету, начальнику МВШ і всім підлеглим організаціям, а також Військовому комітету.
Головна роль МВШ — надання підтримки Військовому комітету, для цього він різділений на п'ять управлінь, залежно від виконуваних функцій, що відповідають за наступні питання.
МВШ розробляє і координує вклад Військового комітету в сфері політики та планування НАТО, оборонної політики, стратегічного планування, принципів і планування застосування спеціальних видів зброї, поширення зброї масового знищення, оборонного планування і планування будівництва НД, Сил реагування НАТО і сил і засобів в цілому.
МВШ сприяє Військовому комітету у розробці оперативних планів і вирішенні питань розстановки сил НАТО та інших питань управління збройними силами в тому, що стосується ролі НАТО при виникненні міжнародних криз. МВШ сприяє просуванню і розвитку багатосторонньої навчальної підготовки та навчань для країн НАТО і країн-учасниць програми Партнерство заради миру.
МВШ щодня забезпечує стратегічними розвіданими генерального секретаря НАТО , Північноатлантичну раду , Військовий комітет , Комітет з оборонної політики і планування та інші органи НАТО. Він узагальнює і оцінює розвіддані, що надходять від країн-членів НАТО і командувань. Він також розробляє, дотримується і реалізує основні принципи, доктрини та документи, що стосуються розвідки.
- Співпраця та регіональна безпека
МВШ підтримує зв'язок з контактними особами у військових структурах і співпрацює в рамках Ради євроатлантичного партнерства і програми ПЗМ, Ради Росія-НАТО, Комісії НАТО-Україна, Комісії НАТО-Грузія, Середземноморського діалогу, Стамбульської ініціативи співпраці і з окремими країнами-партнерами по всьому світу. Також виробляються рекомендації військових по участі НАТО в різних аспектах питань роззброєння, контролю над озброєннями та забезпечення безпеки на основі співробітництва.
- Тилове забезпечення, озброєння та ресурси
МВШ розробляє і координує вклад Військового комітету в стратегічне планування тилового забезпечення та ресурсів НАТО, надаючи тим самим підтримку військовим органам НАТО. Співробітники штабу допомагають в роботі над політикою і процедурами НАТО в рамках тилового забезпечення, медичних питань, озброєння, научно-дослідницьких розробок, особового складу, інвестицій і фінансів.